보훈병원에서 특수질환, 중증질환 등으로 진료가 곤란한 경우에는 진료가 가능한 전문의료시설에 전원하여 진료를 받을 수 있다.

전원진료대상자는 애국지사, 상이입은 국가유공자, 광주부상자 등 전 질환 진료대상자와 경상이제대군인, 고엽제후유의증 등 해당 질환 진료대상자이며, 반드시 해당 진료과를 거쳐 보훈병원장의 승인을 득하여 전원한 경우에만 진료비를 환급받을 수 있다.

진료대상질환은 보훈병원 진료여건상 치료가 곤란한 중증질환 또는 전문의료시설·장비를 필요로 하는 질환 등이며, 상이처를 포함한 전 질환을 포함한다(단, 경상이자등은 해당 질환에 한함).

전원의뢰시에는 진료범위와 의료기관을 명시하게 되며, 만일 보훈병원장의 승인 없이 일반병원 등에서 임의진료하거나 의뢰한 진료범위와 지정기관을 벗어나는 경우에는 해당 진료비를 환급받을 수 없다.

진료비 환급절차는 해당 진료종결후 보훈병원에 청구하면 정산하여 지급하며, 진료비 환급범위는 급여비용과 일부 비급여로 한정되어 있다.